公司设有综合办公室、战略发展事业部、业务管理部、财务管理部等管理部门。

业务部门包括8个业务部门和6个研究中心，以及8个分支机构。

8个业务部门分别是规划设计一所、规划设计二所、规划设计三所、规划设计四所、城市设计所、建筑设计所、规划设计创新所、生态市政院，6个研究中心分别是国土空间规划研究中心、人居环境研究中心、未来城市事业部、新技术中心（筹建）、村镇中心（筹建）、文旅中心（筹建），分支机构分别是位于海口的海南分公司（海南分院）、位于兰州的西北分公司、位于汕头的粤东分公司（汕头分院）、位于南京的江苏分公司（筹建）、位于郑州的中部分公司（筹建）、位于湖州的湖州公司、位于北京的科技公司（筹建）、位于大连的大连公司（筹建）和位于厦门的厦门分院（代管）。