水环境治理所（以下简称水环境所）是生态市政院在海绵城市、水环境治理、排水防涝、市政工程、生态修复等领域的综合性业务部门，承担了广东、海南、山西、辽宁等多个省份的技术咨询服务工作和几十个城市的百余项咨询、规划、设计项目。目前员工有27名，其中博士及以上学历4名，硕士21名。

        水环境所在海绵城市和排水防涝领域，主要业绩包括长治、沈阳、银川、渭南、葫芦岛、佛山等城市的海绵城市建设技术咨询服务，海口、南宁、西安、银川、三亚、珠海横琴保税一体化区、固原等海绵城市规划编制任务；海口生态安全排水系统规划、海口重点区排水防涝系统化方案、佛山市排水（雨水）防涝设施建设规划、长治市排水防涝专项规划等排水防涝系统规划。在水环境治理领域，主要业绩包括海口、南宁、三亚、佛山、东莞、长治等城市水环境综合治理全过程咨询服务；统筹了海口美舍河、东西湖、大同沟、长治漳泽湖等河湖治理、江东新区起步区水系综合治理、江东新区防潮堤与海岸带生态修复工程、廊坊中心城区河渠治理等项目的工程设计。在市政工程领域，主要业绩包括南宁、海口、长治等城市的排水专项规划编制任务；佛山、沈阳、银川、哈尔滨、珠海、葫芦岛、茂名等城市及片区的污水提质增效方案编制和技术咨询服务。在生态修复和城市更新领域，主要业绩包括长治市城市更新专项规划、青岛西海岸新区老城区城市双修、海口城市更新水环境治理等城市更新规划；东营区生态保护与修复专项、（珠海）横琴粤澳深度合作区国土空间生态修复规划等生态修复规划编制工作。

        主要参与的科研包项目包括《特大城市外洪内涝灾害链联防联控应急技术与示范》等多项“十四五”国家重大研发计划、国家重大水专项课题研究，国合会重大绿色技术创新及其实施机制再生水专题研究，全国海绵城市建设评估，长江经济带国土空间规划生态专题研究。参与《海绵城市建设规划与设计标准》《城市黑臭水体整治技术手册》《山西省海绵城市智慧管控建设技术标淮》等多个标准规范的编制工作。